Die 1710 erbaute barocke Denkmalorgel der Kilianikirche wurde in letzter Zeit des öfteren stark in Mitleidenschaft gezogen. Bereits in den Jahren 1998 bis 2004 wurde sie wegen drohender Zerstörung durch Pfeifenkorrosion, auch Bleifraß genannt, saniert. Im Jahre 2005 wurde sie durch eine Explosion in der unmittelbaren Nachbarschaft erneut stark beschädigt.

Bei dem nun jüngsten Schaden war besonders die Beschädigung der sogenannten Windladen verheerend. Ihre Aufgabe ist es, die Pfeifen mit Luft zu versorgen und wenn dies nicht möglich ist, kann die Orgel nicht funktionieren. Die aus Holz bestehenden Windladen waren durch das Wasser so sehr aufgequollen, dass sie sich teilweise nur sehr schwer und teilweise auch überhaupt nicht mehr bewegen ließen. Nachdem sie nun ein wenig Zeit zum Trocknen hatten, lässt sich ein Fortschritt erkennen, denn glücklicherweise verfügten sie über eine Deckschicht aus abgesperrtem Holz, das dem Wasser gegenüber weniger anfällig war. Während historische Windladen aus massivem Holz diesen Schaden vermutlich nicht überstanden hätten, können die anderen möglicherweise in Höxter vor Ort repariert werden. Dennoch wird der gesamte Trocknungsprozess noch eine lange Zeit in Anspruch nehmen. "Man muss die Sommermonate abwarten," so Pfarrer Reinhard Schreiner.
Auch eine sorgfältige Überarbeitung des großen Orgelwerks ist notwendig und dies nicht aus rein ästhetischen Gründen. So sind die großen Stockflecken, die insbesondere im Innern des Gehäuses zu finden sind, das Resultat von Gerbsäure-Auswaschungen aus dem massiven Eichenholz. Dies birgt somit erneut ein hohes Risiko auf Pfeifenkorrosion.

Obwohl eine vollständige Sanierung der Orgel erst gegen Ende 2012 möglich sein wird, kann sie dennoch zwischenzeitlich wieder für Konzerte genutzt werden. Es werden einige provisorische Maßnahmen ergriffen und Ausbesserungen vorgenommen damit Veranstaltungen wie die wöchentliche "Musik zur Marktzeit" (Samstag, 21. April) oder auch die "Nacht der Offenen Kirchen" am Pfingstsonntag (27. Mai) stattfinden können.