Im ersten Halbjahr 2012 verzeichnet der Flughafen bei den Passagieren sogar ein Minus von 6,3 Prozent. Zwar sollen nun die Ausgaben um 2,5 Millionen Euro gesenkt werden. Dennoch wird für das Geschäftsjahr 2012 mit einem Verlust im sechsstelligen Bereich gerechnet. Sorgen macht vor allem der Ausbau des Flughafens Kassel-Calden, der im April 2013 als Konkurrent an den Markt kommt.
Die Urlauber in Paderborn-Lippstadt merkten indes nichts von den Problemen. Der Ferienstart verlief reibungslos. Dagegen musste der Flughafen München wegen einer Radarpanne zwei Stunden gesperrt werden.